有机研究中心主要进行具有活性的药物、农药小分子以及发光性能有机配合物合成、性能表征等相关内容的研究。重点开展以原子经济性为基础的选择性调控有机分子合成，强调计算化学的辅助作用和反应机理的研究，自然界中具有独特生理活性或作用机制分子的发现、全合成及其组合化学。该方向将瞄准国家发展的战略要求，密切结合世界热点前沿研究包括小分子的活化在内的惰性化学键的活化；原子经济性的高效率、高选择性合成方法学，特别是不对称催化反应。强调绿色有机化学反应及过程的研究，从源头减少环境污染。
要开展以下的研究：1）高效、环境友好催化剂的开发；2）新型、环境友好的反应介质的使用；重点发展清洁催化环化、不对称催化合成等新技术；3）研究新的过渡金属催化串联反应；4）发展新的金属催化的惰性化学键的活化与官能团化反应；5）发展有机小分子催化下立体选择性的新颖转化。通过以上几方面的研究，希望最终能实现绿色合成从而为从源头上消除化学合成中产生的污染提供理论和实验基础.
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